深圳公司注销申请备案的步骤大致如下：
第一步：公司注销备案。在公司主管工商内局办理，需提交公司关于清算组备案事项的决议或决定、清算组成员的身份证明、经办人身份证明、清算组负责人签署的《企业变更(备案)登记申请书》等材料。
第二步：登报公告。成立清算组后，在深圳市内一级报纸刊登清算公告，公告内容包括公司准备注销，请各债权债务人自见报45日内到我公司清算小组办理债权债务事宜。
第三步：办理国税、地税完税证明。需提供个人所得税扣缴申报表、企业所得税季报、企业所得税-年度等材料。
第四步：完成清算分配方案。清算公告满三个月后，制作清算结束日的资产负债表和财产清单，制作清算分配方案，由清算组制作清算报告、清算期内收支报表和各种财务帐册，报股东确认。
第五步：到工商部门办理注销登记。带齐资料到前海E站通提交工商注销手续。完成清算程序之后，只有进行注销登记，公司的债权债务才会消灭。
第六步：印章注销。工商注销完成后，提供所有原备案印章、企业注销通知书，至刻章店注销印章。
公司注销事务处理的过程中，一般会涉及多个政府部门，时间通常是在半年以上。因此，建议企业选择专业代理机构代办，以提高效率。
