在日本注册的公司，如果需要进行注销，通常需要按照以下步骤进行：
解散决议：公司的股东大会或董事会需要通过一项关于公司解散的决议。
清算：在解散决议通过后，公司需要进行清算。清算过程中，公司需要偿还债务、分配剩余财产等。
提交注销申请：清算完成后，公司需要向日本的商工登记机关（如法务省）提交注销申请。
公告：商工登记机关会在官方公报上发布公司注销的公告。
完成注销：公告期满后，商工登记机关会正式注销该公司的注册信息。
以上流程可能因具体情况和当地法规而有所不同。建议您咨询专业的律师或会计师，以确保您的公司在日本顺利注销。
如果您是在中国注册的公司，想要注销其在日本的分公司或子公司，同样需要遵循上述流程。您还需要关注中国的相关法律法规，确保在中国境内的业务和税务问题得到妥善处理。
