企业要注销仍有进项税额留抵怎么办
国家税务总局《关于印发〈增值税问题解答〉的通知》规定，对纳税人倒闭、破产、解散、停业后销售的货物，应按现行税法的规定征税。对纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分，税务机关不再退税。
根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，贵公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。
根据《我们人民共和国企业所得税法》第八条和《我们人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条的规定，企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。
公司注销未抵扣的进项税怎样处理
根据国税函〔1998〕429号规定，如果企业因破产而注销税务登记的，期初尚未抵扣的已征税款以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分（即留抵税额），税务机关不再退税。
因此，因破产而注销税务登记的企业其账面上未抵扣的进项税额不再退还。
相关规定：《国家税务总局关于企业破产、倒闭、解散、停业后增值税留抵税额处理问题的批复》(国税函〔1998〕429号)
对因破产、倒闭、解散、停业而注销税务登记的企业，其原有的留抵税额的处理问题，《国家税务总局关于印发〈增值税问题解答(之一)〉的通知》(国税函发[1995]288号)已明确法规：纳税人破产、倒闭、解散、停业后，其期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分（即留抵税额），税务机关不再退税。
公司注销留抵的进项税额怎么办
法律主观：
根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税（2005）165号）第六条规定，一般纳税人在指导期内注销或取消一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不转出进项税，其留抵税额不退税。因此，公司注销时留抵的增值税进项税不予退税。
法律客观：
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》第六条 一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题。一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
