深圳分公司注销流程包括以下几个步骤：
准备相关材料：需要准备的材料包括公司法定代表人签署的《分公司注销登记申请书》、经办人身份证明、分支机构营业执照正本和所有副本、隶属单位关于撤销分支机构所做的决定等。
到工商登记窗口进行注销登记：持分公司营业执照副本，到工商登记窗口按规定进行注销登记的相关事项详细资讯，领取《分公司注销登记申请书》并按规定填写、《指定代表或者共同委托代理人的证明》。
准备办理注销登记的材料：因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署准备出具相关材料。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明"与原件一致"并由公司加盖公章。
提交材料给工商登记机关：材料准备完成后，向工商登记机关提交，在提交材料齐全、合法、有效的前提下，注销登记2个工作日内完成。
注销登记不收取任何费用。
分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司应持《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
如果总公司想要注销，必须首先注销分公司。如果不及时注销，时间越长，产生的不利后果就越多。税收和工商将导致异常，影响法人和股东的声誉。如果严重，将会被列入信用证黑名单，影响购买机票和高铁票等。因此，如果公司不再运营，建议及时注销。
